La segunda función más importante para mitigar el cambio climático global, es mantener el carbono absorbido guardado en su biomasa y suelo. A nivel global, los manglares contienen 1,6 % de la biomasa total del bosque tropical, a pesar de que sólo ocupan el 0,6 % del área total de bosque tropical. Con base a estudios de latitudes similares  a la de Panamá, se han realizado estimaciones preliminares sobre la cantidad de carbono almacenado.

De esta manera se estima que los manglares de Panamá almacenan una cantidad enorme de carbono en su cobertura situada en la parte superior del suelo (biomasa aérea): con un estimado de 48 millones de toneladas. Además, se estima que el suelo de estos mismos manglares panameños almacena unas 29 millones de toneladas de carbono adicionales.

El total  acumulado del carbono almacenado por los manglares de Panamá se estima en alrededor de 77 millones de toneladas/megatoneladas (Wetlands International 2014). Sin embargo, con las investigaciones del proyecto podemos hacer estimaciones mucha más precisas.

Con la destrucción de los manglares se destruye esta capacidad de absorción, se libera el carbono almacenado a la atmosfera y se acelera el cambio climático global.